Het Zijper Museum heeft een uitgebreide collectie van duizenden objecten die verkregen zijn door aankoop of schenking van particulieren of bedrijven. Het grootste deel van de collectie is eigendom van de gemeente – nu Schagen, voorheen Zijpe – terwijl daarnaast ook de Melchior Stichting en de Historische Vereniging “De Zijpe” eigenaar zijn van een deel van de collectie. De Stichting Zijper Museum voert voor de eigenaren het beheer over de deelcollecties. De gehele collectie kan worden doorzocht.

Van alle objecten uit de (totale) collectie zijn gegevens als titel, beschrijving, datering, opbergplaats, eigenaar, afmetingen, taxatiewaarde, etc. geregistreerd. Indien mogelijk wordt van een object ook een foto gemaakt en aan de administratie van het object toegevoegd. Al sinds vele jaren wordt bij het museum voor deze registratie een database gebruikt. Met behulp van het Zijper Collectie Beheer Systeem (ZCBS) worden de gegevens toegevoegd en gecorrigeerd. Daarnaast biedt het systeem de mogelijkheid om de collectie te doorzoeken. Het ZCBS is opgezet als webapplicatie, zodat beheer en raadpleging van de gegevens via internet plaats kan vinden.

Onder het menu Collectie bevinden zich de submenu’s “Doorzoek de collectie” (voor het zoeken in de collectie m.b.v. het ZCBS-systeem), “Topstukken” (voor het bekijken van de Topstukken uit de collectie), “De collectie per tijdvak” (voor het bekijken van de objecten met een bepaalde datering) en “Zo maar 100” (voor het bekijken van een willekeurige greep van 100 objecten).

Onder Collectie wordt hier uitsluitend de museale collectie verstaan. De boekencollectie en fotocollecties zijn apart beschreven onder Bibliotheek en Beeldbanken.